TIMBALAN KOMANDAN PERTAMA
Lt Kol Prof Madya Dr Ahmad Fawzi bin Mohd Basri
( Mulai penubuhan hingga 22 September 1997 )
TIMBALAN KOMANDAN KEDUA
Lt Kol Prof Madya Ab. Rahman bin Mustafa
( Mulai 1 April 1998 hingga 31 Mei 2001 )
TIMBALAN KOMANDAN KETIGA
Lt Kol Prof Dr Sudin bin Haron
( Mulai 1 Jun 2001 hingga 16 September 2003 )
TIMBALAN KOMANDAN KEEMPAT
Lt Kol Prof Dr Abdul Razak bin Chik
( Mulai 17 September 2003 hingga 2 Ogos 2019 )
TIMBALAN KOMANDAN KELIMA
Lt Kol Mohamad Ezanee bin Yazid
( Mulai 3 Ogos 2019 hingga Sekarang )